Обслуживанием храмов занимались жрецы, особый общественный класс, имевший в свое время большую силу и влияние: так, во времена Рамсеса III им принадлежало 10% всей обрабатываемой земли государства и 6% населения (рабы).

Вообще, для Египта было не свойственно разделение на светскую и духовную власть. Как уже говорилось выше, фараон почитался за бога, а жрецы находились у него на службе, причем эта служба очень хорошо оплачивалась и впоследствии стала передаваться по наследству.

Характерно, что жречество имело свою организацию: каждое божество имело свой клир (сообщество церковнослужителей), который возглавлял верховный жрец, назначавшийся на эту должность самим фараоном. При этом численность, могущество и богатство клира были напрямую связаны с конкретным божеством, его значением, почитаемостью и местом среди других божеств (в эпоху Нового царства самым влиятельным был клир Амона - Ра). 

Кроме привилегий, предоставляемых фараоном, храмы владели землей, что позволяло жрецам жить на средства, полученные от урожаев и ренты. Накопление богатств и власть, которую получал жрец, вступая в должность, возросли настолько, что во время правления XX династии жрецы провозгласили себя фараонами.

Верховный жрец каждого клира, имевший особый титул (также зависящий от божества), обладал властью над всеми остальными жрецами, назначенными либо им самим, либо фараоном. Его должность не передавалась по наследству, ее нужно было заслужить, пройдя пять ранговых ступеней (по крайней мере, так было за 4000 лет до н. э.; чтобы стать жрецом бога Ра требовалось пройти различные испытания. Одним из требований было решить небольшую задачу: найти диаметр колодца, если были известны длины двух трос­тинок. Для того, чтобы ее решить, нужно было применить сложное уравнение, а это говорит о том, что в то время жрецам были известны основы алгебры).

Жрецы высшей иерархической ступени назывались Хемнечер, что значит «рабы божьи». Именно они были главными отправителями культа. Следующую ступень занимали Херихебы, т. е. чтецы и знатоки священных текстов. Кроме того, при храмах всегда находилось низшее духовенство — Уабу (что значит «чистые»), которое было призвано исполнять каждодневный ритуал, выполнять различные хозяйственные работы. Среди них были жрецы для выполнения конкретных функций: жрецы, следившие за соблюдением "распорядка дня", "Астрономы", которые назначали благоприятные и неблагоприятные дни, "чтецы", произносившие священные слова на богослужебной церемонии.

Одну из значительных должностей занимали писцы, носящие одеяния из белого льна или шкуры пантеры (носить шерстяные одежды им строго возбранялось). 

Жрецы должны были носить белые сандалии, совершать частые омовения ног, удалять волосы со всего тела и воздерживаться от сексуальных отношений.

Бывали случаи, когда верховный жрец главного, наиболее могущественного и влиятельного, клира распространял свою власть не только на своих непосредственных подчиненных, но и на все клиры, и всех жрецов.

Жили жрецы при храмах, окруженных стеной из кирпича - сырца для защиты от внешнего шума и содержания храма в чистоте. Только фараон или верховный жрец могли входить в святилище, где находилось изображение божества.

Храмы были и своеобразной академией наук, и музыкальной школой, и инженерным институтом. Неудивительно, что жрецы являлись для простого народа чуть ли не волшебниками. Что касается знати, то она, прежде всего, видела в представителях этого сословия искусных врачей (известно, что медицинских учреждений в Древнем Египте не существовало и жрецы либо ходили к больным, особенно если те были знатного происхождения, либо, принимали больных при храмах).

Но медицина, инженерия, алгебра — далеко не все, чем владело египетское духовенство. Так, например, есть свидетельства, что верховные жрецы широко применяли оккультные науки, в особенности, телепатию. Жрецы вершили правосудие и были толкователями снов. Кроме этого они имели понятие об астрономии (археологами были найдены карты звездного неба, на которых были изображены различные фигуры людей, животных и фантастических существ).